آن بخش از تعلیمات مسیحی که مبتنی بر عقل و فطرت و مستند به بخش‌های تحریف نشدۀ انجیل است از نظر اسلام پذیرفته و محترم است. اما متأسفانه تعالیم آسمانی حضرت مسیح (ع) پس از وی دچار تحریف شد و نویسندگان کتاب‌های مقدس آن تعالیم را با برخی باورهای رومی و یهودی آمیختند. آنها با طرح تثلیث از توحید فاصله گرفتند؛ با الوهیت بخشیدن به حضرت عیسی، نبوت را دچار تحریف کردند؛ و پیروانشان با انکار آخرین وحی الهی و دین خاتم، خود را از دریای بیکران معارف و معنویت اسلامی محروم کردند. در اینکه اناجیل موجود پس از حضرت مسیح و به¬دست پیروانش نوشته شده است تردیدی نیست، منتها اعتقاد مسیحیان این است که آن نویسندگان در این نگارش از سوی خداوند ملهم بوده اند. به اعتقاد برخی، آنها تجربه‌های معنوی حضرت عیسی را تفسیر کرده¬اند. یکی از پژوهشگران مسیحی در این زمینه می¬نویسد:
محققان امروزي عموما بر سر اين مسئله توافق كرده¬اند كه اين انجيل، تعاليم واقعي عيسي(ع) را به ما ارائه نمي¬كند، بلكه بيشتر مشتمل بر مجموعه‌اي از تأملاتی است برای نشان دادن آن چيزي كه اونجليست¬ها به عنوان اهميت معنوي زندگي و كار مسيح، در نظر مي¬گيرند. ما تقريبا ترديدي نداريم كه در وراي اين مراقبه¬ها، پايۀ تجربه¬اي شخصي شبيه به آنچه كه مشخص كننده و الهام¬بخش كار پولس بوده است، وجود داشته است. در واقع، اين انجيل مي¬تواند از يك جهت، به¬عنوان تفسير شخصيت و عمل مسيح در پرتو عرفان مسيح، تلقي شود.
بسیاری از محتویات اناجیل موجود حتی تفسیر درستی از شخصیت و تعلیمات حضرت مسیح نیست. افزون بر این، عناصر مهمی از باورهای رایج مسیحی حتی در اناجیل موجود هم یافت نمی¬شود؛ بلکه در طول تاریخ از سوی کلیسا افزوده شده است و البته کلیسا برای افزوده¬های خود نیز حجیت قائل است. چنانکه در بیانیۀ شورایی که در سال 1545 میلادى در شهر ترنت صادر گردید و به اعتقادنامۀ ترنت معروف است به صراحت بر این امر تأکید شده است.
به اعتقاد مسیحیت موجود، خدا سرشتی سه گانه دارد: پدر، پسر و روح القدس. خدا به صورت پسر بر زمین آمد و مصلوب شد تا کفارۀ گناه نخستین بشر، که همان سرپیچی آدم و حوا از فرمان الهی است، باشد. این تعالیم به صورت پررنگی در عرفان مسیحی نیز حضور و ظهور دارد. به دلیل ضعف مبانی فلسفی و متافیزیکی در مسیحیت، عرفای مسیحی نتوانسته‌اند تفسیر و تبیین قابل دفاعی در هستی شناسی و الهیات بویژه در مسئلۀ وحدت هستی در عین تمایز خدا و خلق ارائه دهند. تعارضی که الهیات مسیحی با عقل دارد در عرفان مسیحی نیز منعکس است. باورهایی همچون تثلیث و الوهیت عیسی در تعارض آشکار با عقل و تجربه¬های‌عرفانی است. جمع بین توحید و تثلیث از مشکلات همیشگی در الهیات مسیحی بوده است.
کنار گذاشتن شریعت به¬عنوان راهنمای عمل در زندگی و سلوک عرفانی و بسنده کردن به اصول اخلاقی و نیایش، نقطۀ ضعف دیگر در عرفان مسیحی است. چنانکه گفتیم، پولس التزام به شریعت را از مسیحیت برداشت، در حالی¬که خود حضرت عیسی طبق تعالیم انجیل پایبند به شریعت موسی بود و عمل به آن را الزامی می¬دانست. «گمان مبرید که آمده¬ام تا تورات یا صحف انبیا را باطل سازم. نیامده¬ام تا باطل نمایم، بلکه تا تمام کنم… پس هر که یکی از این احکام کوچک¬ترین را بشکند و به مردم چنین تعلیم دهد، در ملکوت آسمان کمترین شمرده شود. اما هرکه به¬عمل آورده و تعلیم نماید، او در ملکوت آسمان بزرگ خوانده خواهد شد.»
گرایش افراطی به رهبانیت و ترک دنیا و زندگی خانوادگی و زناشویی از دیگر مشکلات در عرفان مسیحی است. در قرآن کریم تصریح شده است که اصل رهبانیت را پیروان حضرت عیسی (ع) بدون اینکه خداوند بر آنها تکلیف کند ابداع کردند، اما حق آن را ادا نکردند و به آن ملتزم نماندند. «ثُمَّ قَفَّيْنَا عَلَى آثَارِهِمْ بِرُسُلِنَا وَقَفَّيْنَا بِعِيسَى ابْنِ مَرْيَمَ وَآتَيْنَاهُ الإِنجِيلَ وَجَعَلْنَا فِي قُلُوبِ الَّذِينَ اتَّبَعُوهُ رَأْفَةً وَرَحْمَةً وَرَهْبَانِيَّةً ابْتَدَعُوهَا مَا كَتَبْنَاهَا عَلَيْهِمْ إِلاَّ ابْتِغَاءَ رِضْوَانِ اللَّهِ فَمَا رَعَوْهَا حَقَّ رِعَايَتِهَا فَآتَيْنَا الَّذِينَ آمَنُوا مِنْهُمْ أَجْرَهُمْ وَكَثِيرٌ مِنْهُمْ فَاسِقُونَ.» طبق این آیه، رهبانیت را خدا برای آنها قرار نداده، بلکه از بدعت¬های آنهاست. البته آنها برای خوشنودی خداوند تصمیم گرفتند که زندگی راهبانه داشته باشند؛ اما خود آنها این امر را رعایت نکردند و خداوند از این جهت آنان را مذمت می¬کند. از نظر علامه طباطبایی از این بیان الهی استفاده می¬شود که این رهبانیت هرچند به تشریع خداوند نبود، ولى مورد رضايت خداوند بود. آنها در این زمینه دچار افراط و تفریط شدند. گروهی از آنها نه تنها به رهبانیت پایبند نماندند، بلکه به فسق و فجور و عیاشی روی آوردند، بطوری که در مواردی همین مراکز زهد و عبادت محل رواج باده گساری و فحشا شد.
گروهی نیز در رهبانیت افراط کرده به ریاضت¬های سخت و خودآزاری پرداختند، که این نیز انحراف محسوب می¬شود و این نوع رهبانیت در اسلام مردود است. به عنوان نمونه¬ای از رهبانیت افراطی در مسیحیت می¬توان از ایگناتیوس لویولا راهب اسپانیایی و مؤسس فرقۀ رهبانی یسوعی نام برد. ویل-دورانت دربارۀ وی می¬نویسد: «…چون از توجه غرور آمیزی که زمانی به حفظ ظاهر خود داشت سخت دچار ندامت شده بود، یکسره پاکیزه نگاه¬داشتن و کوتاه کردن و شانه زدن موی سر، گرفتن ناخن، شستن صورت و دست و پا و استحمام بدن را ترک کرد. او به همان قوت لایموتی که از راه تکدی به دست می¬آورد قناعت می¬کرد؛ هرگز گوشت نمی¬خورد؛ گاهی چند روز متوالی روزه می¬گرفت؛ هر روز سه بار خود را تازیانه می زد…»
از آنجا که مسیحیت دینی الاهی است، معقول نیست که این گونه ریاضت¬های آسیب¬زا ریشه در تعالیم الاهی داشته باشد. اینها یا از بدعت¬های ناپسند خود راهبان است و یا آنان در این زمینه متأثر از فرهنگ¬های دیگر مانند ادیان شرقی هستند. اتفاقا در تاریخ آمده است که حدود 250 سال پیش از میلاد مسیح، آشوکا امپراطور هند گروه¬هایی را برای تبلیغ آیین رهبانی بودایی به خاور نزدیک فرستاد و جمعیت هایی از جمله اِسِنیان یهودی از آن استقبال کرده، این رهبانیت را به نسل¬های بعد منتقل کردند.