محمد فنائي اشکوري در سال 1340 در اشکور رودسر در استان گیلان متولد شد. پس از پايان دورۀ ابتدائي، مقدمات علوم اسلامي را در چالوس و قزوين آموخت. وي در سال 1359 وارد حوزۀ علميه قم گرديد و تا سال 1370 درس های سطح و خارج فقه و اصول و همچنين متون سنتی فلسفه و عرفان اسلامي را نزد اساتيد برجسته آموخت. او در کنار درس های يادشده، دوره چهارساله مؤسسه در راه حق در زمينه مقدمات علوم انساني را نيز به پايان رساند. از اساتید او در خارج فقه و اصول آیت الله سید محمود هاشمی شاهرودی است. اساتید فلسفه و عرفان او عبارتند از حضرات آیات: انصاری شیرازی، حسن زاده آملی، جوادی آملی و مصباح یزدی. وی با شرکت در درس های مختلف فلسفه غرب دانشگاه تهران و دیگر مراکز آموزش عالی با فلسفه غرب آشنا گردید.
فنائی در سال 1371 وارد دانشگاه مک گيل کانادا شد و در مؤسسۀ مطالعات اسلامي آن دانشگاه مدرک کارشناسي ارشد در فلسفۀ تطبيقي را دريافت کرد و در سال 1380 از دانشکدۀ مطالعات اديان همان دانشگاه در رشتۀ فلسفه دين به اخذ مدرک دکتري نايل گرديد. موضوع پایان نامه دکتری او معرفت شناسی تجربه های عرفانی (Epistemology of Mystical Experience) است. وي سپس به ايران بازگشت و در مؤسسه آموزشي و پژوهشي امام خميني در حوزه هايي همچون فلسفۀ تطبيقي، فلسفۀ دین و عرفان اسلامي به تدريس و پژوهش پرداخت که تاکنون ادامه دارد. از فنائي اشکوری تاکنون شانزده عنوان کتاب به چاپ رسيده است: 1. معرفت شناسي ديني، 2. علم حضوري، 3. معقول ثاني، 4. منزلت زن در انديشۀ اسلامي، 5. تعهد به حقيقت، 6. دانش اسلامي و دانشگاه اسلامي، 7. بحران معرفت، 8. نيايش عارفان، 9. مقدمه ای بر فلسفه اسلامی معاصر، 10. درآمدی بر تاریخ فلسفۀ اسلامی، 11. شاخصه های عرفان ناب شیعی، 12. درآمدی بر تاریخ فلسفۀ غرب، 13. درآمدی بر فلسفۀ عرفان، 14. فلسفه وعرفان اسلامی در رویارویی با چالش های معاصر، 15. عرفان اسلامی در متون عالمان شیعی، 16. شرح این هجران (زندگی نامۀ خود نوشت). وي همچنين بیش از 50 مقاله در نشريات داخلي و خارجي منتشر نموده و در کنفرانس هاي بين المللي مختلفي (از جمله در دانشگاه های آمریکا، کانادا، انگلستان، اتریش، سوئد، یونان، اسلونی، لبنان، اندونزی، عربستان، فیلیپین، هندوستان …) در زمينه هاي فلسفه، عرفان و دين به ارائه مقاله و سخنرانی پرداخته است. وی در سال 1395 به مرتبۀ استادی ارتقا یافت.