دین مجموعۀ معارفی است که از طرف خداوند بر پیامبران نازل شده و پیامبران و اوصیایشان عهده دار شرح و بیان آن هستند. مثلا در دین اسلام، قرآن کریم و سنت پیامبر (ص) و معصومان (ع) متن دین را تشکیل می دهند. فلسفه اما حاصل تفکر محض بشری است. بنا بر این، فلسفه و دین مستقل از یکدیگر هستند. نه دین وابسته به فلسفه است و نه فلسفه وابسته به دین. اما هنگامی که ما انسان ها به سراغ دین می رویم تا دین را بفهمیم و دربارۀ پذیرش یا عدم پذیرش آن تصمیم بگیریم نیازمند به تاملات عقلانی از سنخ تأملات فلسفی هستیم. اصولی همچون وجود خدا و صفات او، لزوم نبوت و وحی و وجه دلالت اعجاز بر نبوت نیازمند دلیل عقلی است. همچنین امکان یا عدم امکان حیات پس از مرگ از این دست مسائل است، بطوری که اگر عقلا حیات پس از مرگ را محال بدانیم جایی برای قبول دین نمی ماند. دست کم باید امکان حیات پس از مرگ محرز باشد. حل این مسائل هستی شناختی ممکن است مبتنی بر برخی مسائل معرفت شناختی باشد که طرح و حل آنها در قبول یا عدم قبول دین تأثیر دارد. بنا بر این، قبول عقلانی دین مبتنی بر نوعی هستی شناسی و معرفت شناسی است که فلسفه عهده دار تبیین و بیان آن است. البته بسیاری از مردم ممکن است با اتکاء به فطرت و عقلانیت عرفی دین را بپذیرند و نیازی به فلسفه احساس نکنند. اما ذهن های پیچیده تر، بویژه ذهن های دارای سؤال و شبهه، قبل از یافتن پاسخ عقلانی آرام نمی گیرند. خود متون دینی بویژه قرآن کریم ضمن تصدیق فطرت، به تعقل در این زمینه سفارش اکید دارد. پس از قبول دین، در فهم معارف دینی بویژه در باب الاهیات نیز عقل ورزی فلسفی ضروری است. سرّ مطلب این است که دین و فلسفه مسائل مشترکی دارند و راه متعارف برای فهم بسیاری از معارف دینی تعقل است. البته شناخت عقاید دینی به عهدۀ علم کلام است؛ اما علم کلام با فلسفه در بخش هایی همپوشانی دارد. آن دسته از مباحث دینی که صرفا با روش عقلی بررسی می شوند مسائل فلسفی هستند. آن دسته از معارفی که تنها راه فهم و بررسی آنها نقل و متن دینی است خارج از مباحث فلسفی هستند، مانند امامت خاصه و شناخت اشخاص ائمه (ع). روش فلسفی، عقلی محض و روش کلام، عقلی و نقلی است. کلام عقلی محض با فلسفه همپوشانی دارد و مصداق فلسفه است. بنا بر این، فلسفه می تواند در اثبات اصل دین، در تبیین و اثبات اصول دین و دفاع از اصول و مبانی دین ایفای نقش کند.
اینکه برخی بین عقل فلسفی و دینی تمایز قائل می شوند و عقل دینی را لازم اما عقل فلسفی را گمراه کننده می دانند، وجه و اساسی ندارد. ما یک عقل بیشتر نداریم. این عقل می تواند در مسیر درستی حرکت کند و به کشف حقیقت برسد، چنانکه ممکن است ضعیف بماند و آسیب بپذیرد و موجب گمراهی شود. بنا بر این، آنچه اهمیت دارد درست بکار گرفتن عقل است.
عقل خود می تواند روش درست بکار گیری عقل و آسیب ها و مغالطاتی را کشف کند، چنانکه در منطق این کار انجام می شود. دین نیز توصیه های ارزشمندی برای سلامت عقل و مصونیتش از خطا دارد که از نظر فلسفه نیز می توان آن را تایید کرد. عقل فلسفی که همان منطق است مدعایش این است که اگر مقدمات استدلالی از حیث ماده و صورت تام و حق باشند آن استدلال برهان و یقین آور است. دین هیچگاه چنین ادعایی را رد نمی کند. دین هم توصیۀ اکید دارد که از مقدمات مشکوک و ظنی و تحقیق نشده و غیر یقینی نباید نتیجۀ یقینی گرفت. بنا بر این، دین و عقل از این جهت هماهنگ هستند. اما در عمل و از حیث مصداقی البته انسان موجود محدودی است و ممکن است در هر نوع معرفتی دچار خطا شود. فیلسوف ممکن است در فهمش دچار خطا شود، چنانکه مخالف فلسفه و نص گرا و نقل گرا نیز ممکن است در فهم و استنباطش از منابع دینی بلغزد و دچار خطا شود. وقوع خطا و در نتیجه بروز اختلاف امری مشترک در بین انسان های غیر معصوم است و اختصاصی به فلسفه ندارد. در کلام، فقه، تفسیر، و تاریخ هم خطا و اختلاف بسیار رخ می دهد. یکی از دلایل تأکید بر پایبندی به برهان و منطق در تفکر فلسفی اجتناب از خطا و کاهش آن در حد ممکن و توان بشری است.
برخی می گویند وظیفۀ عقل آن است که ما را به دین برساند، اما هنگامی که به دین رسیدیم مأموریت عقل تمام می شود و باید تسلیم دین شویم و عقل را به کناری گذاریم. این توهم باطل است. در این شکی نیست که باید تسلیم دین شویم، اما حضور عقل همچنان لازم است. اولا هر لحظه ممکن است شبهه ای طرح شود و ایمان ما را متزلزل کند. ثانیا در فهم دین نیز نیازمند به عقل هستیم. مخاطب دین انسان عاقل است. چیزی که باید به آن توجه داشت این است که بین عقل قبل از قبول دین و عقل بعد از قبول دین تفاوتی است. آن تفاوت این است که عقل منور به نور دین از سوی دین هدایت و راهنمایی می شود و با استفاده از هدایت دین خود را تصحیح می کند و غنا و قوت بیشتری می گیرد. اگر عقل از هدایت دین بهرۀ لازم را ببرد سرعت سیر و دقت و صحتش افزون می شود.
فلسفه و الاهیات همواره در داد و ستد بوده اند. هنگامی که الاهیات در مقابل فلسفه بکار می رود مراد علم کلام یا عقاید دینی است. به نظر رایج علم کلام در موضوع، روش و غایت با فلسفه متفاوت است. اگر مراد از فلسفه همان فلسفۀ اولی باشد موضوع فلسفه هستی است، اما موضوع کلام عقاید دینی است. روش فلسفه عقلی محض است، اما روش کلام عقلی و نقلی است. مراد از نقل نیز نقل معتبر و حجت است که همان متون معتبر دینی است. غایت فلسفه شناخت حقیقت در چارچوب موضوع فلسفه است. غایت کلام شناخت عقاید دینی و دفاع از آن است. آن بخش از کلام که عقلی محض است با فلسفه همپوشانی دارد.
اینکه گاهی گفته می شود فلسفه از برهان استفاده می کند، اما کلام مقید به برهان نیست و از مقدمات غیر یقینی نیز استفاده می کند، سخن مردودی است. اگر مراد از کلام کلام تاریخی یا کار برخی از متکلمان باشد، چنین است. اما کلام راستین که علم عقاید است و می کوشد عقاید دینی را تبیین و اثبات کند و شبهات را دفع کند، هرگز نمی تواند از مقدمات غیر معتبر استفاده کند. کلام نیز باید از مقدمات معتبر استفاده کند، منتها مقدمات معتبر در کلام محدود به مقدمات عقلی محض نیست، بلکه از مقدمات نقلی معتبر نیز استفاده می کند.